終戦後、連合国によって開廷された極東国際軍事裁判（東京裁判）において、南京事件は日本軍の残虐行為を象徴する重要案件として審理された。中支那方面軍司令官として南京攻略作戦を指揮した松井石根大将は、自らは現場での残虐行為を直接指示していないと主張し、軍紀弛緩に対する遺憾の意を示していた。
法廷は、軍司令官として部下の違法行為を制止・防止する義務を怠った「不作為の責任（指揮責任）」を重く見た。松井はB級戦犯（通例の戦争犯罪）として有罪判決を受け、絞首刑に処されている。
東京裁判の判決文では「20万人以上」の市民および捕虜が殺害されたと言及され、同地で開催された南京軍事法廷（谷寿夫中将に対する裁判）では「30万人以上」の数字が認定された。これらの法廷記録は、戦後の国際秩序における事件の基本枠組みを規定する契機となった。
