一般的に親しまれている通称は「下鴨神社（しもがもじんじゃ）」である。しかし、神社本庁における登録ならびに正式な表記は「賀茂御祖神社」と書き、読み方は「かもみおやじんじゃ」と読む。初見ではなかなか読めない難読名詞として扱われることも多い。
「賀茂（かも）」はこの地域を古くから治めていた有力な豪族・賀茂氏に由来する。そして「御祖（みおや）」とは祖先を意味する言葉だ。つまり、賀茂氏の祖先をお祀りする神社であることが、その名に明確に刻まれている。地元・京都市左京区の人々や参拝者からは愛着を込めて「下鴨さん」と呼ばれることも多いが、公的な文書や歴史的文献では賀茂御祖神社という名称が貫かれている。
