通学のしやすさは、毎日の学校生活を無理なく続けるための重要な要素です。清流特別支援学校では、広域から通う児童生徒のために複数のスクールバス路線が運行されています。
各路線には安全管理員が同乗し、主要駅や公共施設、主要幹線道路沿いに停留所が設定されています。乗降時の安全確保や緊急時の連絡体制も整えられており、低学年の児童でも安心して利用できる体制です。
一方で、高等部に入学した生徒に対しては、将来の通勤を見据えて公共交通機関（電車・路線バス・徒歩・自転車）を利用した「自立通学」の練習を段階的に導入しています。通学指導員や教員が同行しながらルートやマナーを学ぶことで、卒業までに一人で通勤できるようになる生徒も多く見られます。
