医学的に性別を確認する方法としては、超音波（エコー）検査とNIPT（非侵襲的出生前遺伝的検査）が挙げられる。周産期医療の現場では、超音波画像によって外生殖器の形態を確認することが一般的だ。通常、妊娠16週から20週頃にかけて判明することが多いが、胎児の姿勢や羊水量によっては見えにくい場合もある。
厚生労働省の指針等でも議論されるNIPTなどの遺伝子検査は、母体血中の胎児由来DNAを分析するため、極めて高い精度で性別判定が可能となる。ただし、これらの医療検査は本来、胎児の健康状態や発達を管理するために実施されるものであり、単なる「性別当て」とは一線を引き、適切な倫理観のもとで運用されている。
