事件を引き起こした犯人の馬込忠元（当時37歳・無職）は、佐世保市内の名家出身で、以前は同スポーツクラブの会員でした。近隣住民からは「無口でおとなしい人物」と見られていた一方、定職に就かず自宅に引きこもりがちな生活を送り、複数の散弾銃や空気銃を合法的に所持・保管していました。
犯行後、馬込は用意していた車で現場から逃走。警察は大規模な捜査網を敷き、広域での緊急配備を実施しました。一夜明けた12月15日未明、佐世保市内のカトリック船越教会の敷地内に馬込の逃走車両が放置されているのが発見されます。
早朝、警察の突入班が教会敷地内を捜索したところ、馬込は散弾銃の銃口を自らに向け、すでに息絶えている状態で発見されました。自決による幕引きにより、犯行の詳細な供述が本人の口から法廷で語られる機会は永遠に失われることとなりました。
