装置の核心は、水中で起こる電気化学反応にあります。ゴッドクリーナーのフットバス内に満たされた温水に、微量の塩（塩化ナトリウム）化合物を投入することからプロセスが始まります。純粋な水は電気を通しにくいため、塩分を加えて電解質溶液を作り出す必要があります。
そこに専用の電極カートリッジを沈め、微弱な直流電流を流します。電極には主に鉄などの金属材料が使用されています。通電が開始されると、陽極（プラス極）において激しい電気分解が発生します。
陽極の鉄が電子を失い、鉄イオン（Fe²⁺ や Fe³⁺）として水中に溶け出します。溶出した鉄イオンは、水の電気分解によって生じた水酸化物イオン（OH⁻）や溶存酸素と素早く反応します。化学式で表すと以下のようになります。
Fe → Fe²⁺ + 2e⁻
Fe²⁺ + 2OH⁻ → Fe(OH)₂（水酸化第一鉄：緑白色の沈殿）
4Fe(OH)₂ + O₂ + 2H₂O → 4Fe(OH)₃（水酸化第二鉄：赤褐色沈殿）
反応によって生じた水酸化第二鉄は、時間の経過や脱水反応とともに酸化鉄（Fe₂O₃・xH₂O）、いわゆる「赤錆」へと変化します。これが、水が徐々に赤茶色に濁っていく最大の物理的要因です。
