次に挙げられる重大なリスクが、寄生虫「トキソプラズマ」による先天性感染だ。レアのステーキや生の馬刺し、ユッケ、加熱不十分な豚肉や鳥肉などを口にすることで感染するリスクが生じる。また、未消毒の井戸水や土壌、猫のフンを介した感染経路も知られている。
妊娠中に初めてトキソプラズマに感染した場合、無症状のまま胎盤を介して胎児へ移行することがある。その結果、先天性トキソプラズマ症として、赤ちゃんの水頭症や視力障害、脳内石灰化、運動機能障害などの重篤な後遺症をもたらす危険性がある。日本産科婦人科学会でも、妊娠中の肉類の十分な加熱殺菌（中心部までしっかり火を通す）や、調理器具の衛生管理、土いじり時の手袋着用などを強く推奨している。
