受験生や保護者が最も気にするポイントの一つが、日々の通学アクセスです。井の頭キャンパスは鉄道の駅から少し離れた閑静な住宅街に位置するため、吉祥寺駅または三鷹駅からの路線バス利用が基本ルートとなります。
吉祥寺駅からのアクセスは、公園口（南口）のバス乗り場から小田急バスまたは京王バスを利用し、所要時間は約10〜15分。「杏林大学井の頭キャンパス」停留所、または「杏林大学井の頭キャンパス入口」で下車します。運行本数が非常に多く、数分間隔でバスが発着するため、待ち時間のストレスはほとんどありません。
三鷹駅からのアクセスも同様に南口からバスで約10〜12分です。両駅ともにJR中央線・総武線が利用できるほか、吉祥寺駅からは京王井の頭線、三鷹駅からは東京メトロ東西線の直通電車が乗り入れており、東京都心や神奈川・埼玉方面からの通学利便性も高水準です。
ただし、朝の通学ピーク時（8時〜9時頃）は周辺道路の渋滞により、通常より5〜10分程度余計にかかるケースがあります。1限の講義がある日は、時間に余裕を持ったスケジュールを組むのが在学生の間での鉄則です。また、近隣に住む学生の間では自転車通学も広く定着しています。
