武蔵野赤十字病院の救命救急センター（ER）は、心筋梗塞、脳卒中、多発外傷などの生命に関わる重篤患者を常時受け入れています。夜間・休日の救急外来受診においては、日本救急医学会の基準に則った院内トリアージ（重症度判定）が厳格に適用されます。
診察順序は来院順ではなく、生命の危機度が高い患者が最優先されます。そのため、自力歩行が可能な軽症患者が夜間に受診した場合、救急車搬入の重症患者対応が重なると数時間の待機が発生することがあります。また、緊急性の低い時間外受診に対しても時間外選定療養費が課される場合があるため、夜間の発熱や軽微な体調不良時は、まず「東京都救急相談センター（#7119）」等で緊急性を確認することが賢明です。
入院患者への面会制限については、感染症対策の観点から明確な運用ルールが定められています。現在、面会時間は午後14時〜17時（または15時〜19時等の病棟指定時間内）に限定され、1回あたりの面会人数（原則家族2名以内）や面会時間（15〜30分程度）に制限が設けられています。事前の面会証交付手続きと手指衛生・マスク着用が必須となっており、体調不良者の面会は一律禁止されています。
