拝殿のさらに奥、森の小道を少し進むと、密やかにたたずむ「御神穴(ごしんけつ)」と呼ばれる洞窟が現れる。ここにはかつて、東京湾を荒らしていた大蛇を神が封じ込めたという伝説が残されている。なお、この穴は対岸の横須賀市にある竜本安房神社の御神穴と海底でつながっているという奇妙な言い伝えまで存在する。
鬱蒼とした木々に囲まれたこのエリアは、境内のなかでも特に神聖な空気が漂う場所だ。木漏れ日が地面に描く光の模様を眺めながら歩いていると、何百年も変わらない日本の原風景に包まれているような感覚に陥る。観光地の喧騒から完全に遮断された、静かな瞑想の時間を与えてくれるスポットだ。