電力がダウンした直後、最も深刻なボトルネックとなったのが出発ロビーの保安検査場です。X線検査装置や金属探知ゲートが一時的に作動しなくなったことで、新千歳空港の保安検査場は大混雑を極め、搭乗を待つ利用者の列はターミナルビルの端から端まで数百メートルにわたって伸びました。
安全確認が取れたゲートから順次、手動検査を併用した厳重なチェック体制へと切り替えられましたが、通過には通常時の数倍の時間を要しました。これを受け、JALやANAをはじめとする各航空会社は、停電の影響を受けた便を対象に新千歳空港発着フライトの振替やキャンセル料免除での払い戻し対応を特別措置として即座に発表しています。対象便を予約していた利用者は、各社Webサイトや公式アプリから手数料なしで便の変更手続きが可能です。