神棚を設置する際、最初に確認すべき基本原則が「方角（向き）」と「高さ」です。古くから神道において推奨されてきた配置には、自然信仰に基づいた合理的な意味が存在します。
神棚の正面が向く方角は、「南向き」または「東向き」（東南向きを含む）が最良とされています。これは、神棚の背中を北または西に置き、お札の正面が太陽の光が降り注ぐ南や、日の出を迎える東を向くようにするためです。太陽は生命力の象徴であり、神道の最高神とされる天照大御神（あまてらすおおみかみ）が太陽神であることにも深く由来しています。日当たりが良く、朝一番の清々しい光が差し込む方角へ向けることが理想的な環境づくりの第一歩です。
設置する高さに関しては、「大人の目線より高い位置」に配置するのが鉄則です。神様を見下ろす形になる配置は失礼にあたるため、家族の中で最も背の高い人が立った際、その目線よりも神棚の底面が高くなる位置を選びます。ただし、毎朝のお水や米の交換、榊（さかき）の手入れが安全に行えるよう、踏み台を使えば無理なく手が届く高さ（床から180cm〜200cm程度）に留める配慮も欠かせません。
