これほど広大な敷地と植生を維持管理しながら、利用料金が極めてリーズナブルに設定されている点も本園の大きな魅力です。
一般入園料は大人（15歳以上）300円、小中学生150円と、一般的な民営テーマパークや植物園と比較しても圧倒的な割安感を誇ります。さらに、神戸市在住の65歳以上の方（敬老優待乗車証等提示）や、兵庫県内の小中学生を対象とした「のびのびパスポート」持参者は無料で入園できます。
リピーターや複数の市立施設を巡る予定がある場合、神戸市立植物園・相楽園・須磨離宮公園の3園共通年間パスポート「四季のパスポート」（900円）を購入すれば、わずか年3回の利用で元が取れる計算です。
自家用車で来園する場合、大型駐車場（普通車約700台収容）が完備されており、駐車料金は1日1回500円（普通車）となっています。アジサイや紅葉のハイシーズン週末は午前11時前後に満車となるケースが頻発するため、開園直後の朝9時台の到着を目指すのが確実です。
