事故が起きたのは、官庁街にもほど近い交通量の多い主要交差点である。目撃者の証言によると、内閣府が手配したとみられる黒のセダン型公用車が、青信号で交差点に進入した直後にコントロールを失い、対向車線の車両および歩道脇の防護柵に激しく衝突した。事故の衝撃は凄まじく、車両前部は原形をとどめないほど大破。エアバッグが作動し、周辺には破片が散乱した。
通報を受けて駆けつけた救急隊と警視庁の警察官により、負傷者の搬送と交通規制が速やかに行われた。幸いにも致命傷を負った人物は出なかったものの、相手方のドライバーを含む複数人が病院へ搬送され、手当を受けている。この内閣府公用車衝突事故の発生直後から、現場付近は一時騒然となり、周辺道路では深刻な交通渋滞が引き起こされた。
