逮捕後、神戸家庭裁判所は元少年Aに対して最も重い保護処分である関東医療少年院への送致を決定しました。精神鑑定によって「行為障害」や「性的サディズム（加虐性向）」の傾向が指摘されたため、通常の少年院ではなく、高度な医療的・精神医学的アプローチが必要と判断されたためです。
医療少年院での処遇においては、精神科医や臨床心理士による徹底した心理療法、感情のコントロール訓練、認知の歪みを矯正するプログラムが長年にわたり実施されました。約7年に及ぶ収容生活を経て、2004年に仮退院、そして2005年1月1日に本退院（保護観察終了）となり、法的な更生手続きを完了して社会へ復帰しました。
しかし、重大な生命侵害を引き起こした加害者が、刑事罰を受けることなく20代前半で社会に戻ったことに対しては、当時から被害者遺族や世論を中心に根強い不信感と怒りの声が寄せられていました。
