「きっづ光科学館ふぉとん」が営業を終了した背景には、単なる来館者数の増減だけでは語れない、国の研究開発法人の抜本的な組織改革が存在します。
同館は2001年7月、当時の日本原子力研究所（JAERI、のちの日本原子力研究開発機構 JAEA）関西研究所の広報・展示施設として開設されました。「光」を専門に扱う科学館としては日本初であり、光の性質（反射・屈折・偏光・レーザー技術など）を視覚的かつ直感的に学べる先端教育拠点として、文部科学省の科学技術理解増進施策の一環を担っていました。
転機が訪れたのは2016年4月です。国の特殊法人・独立行政法人改革の流れを受け、JAEAが担っていた量子ビーム応用研究部門および核融合研究開発部門が、放射線医学総合研究所と統合され、新設の国立研究開発法人 量子科学技術研究開発機構（QST）へと移管されました。これに伴い、「きっづ光科学館ふぉとん」の管理・運営もQST関西光科学研究所へと引き継がれました。
QSTの発足以降、同機構には世界トップクラスの次世代レーザー研究や量子生命科学、重粒子線がん治療といった「最先端イノベーション創出」へ公的研究資金と人員を集中させることが厳しく求められるようになりました。広報発表資料および当時の関係部局の記録によると、開設から18年が経過して展示設備や空調・映写システムの老朽化が進んでいたこと、さらに年間数千万円規模に上る展示施設の維持管理費や専門スタッフの配置が、研究開発法人の主たる目的と照らし合わせて見直しの対象となったことが、2019年3月の一般公開終了という決断につながりました。
