インフルエンザB型は、変異が比較的少なく型も2系統（山形系統・ビクトリア系統）に限られますが、A型とは異なる独特の厄介さを持ち合わせています。
最大の特徴は、呼吸器だけでなく消化管粘膜へ炎症が波及しやすい点です。呼吸器症状が目立たず、激しい胃痛や頻回の下痢から発症することもあるため、単なる感染性胃腸炎と誤認されて発見が遅れる事例が後を絶ちません。
また、熱が37度台前半から上がらない、あるいは「熱が一度下がったように見えて数日後に再び微熱が出る」という二峰性発熱の傾向が見られます。一見すると軽症に見えるものの、体内からウイルスが完全に排除されるまでに時間を要するため、激しい疲労感や食欲不振が1週間以上ずるずると尾を引くのがB型特有の過酷さです。
