にんぱくの最大の強みは、「観る」「学ぶ」「試す」がシームレスに設計された体験プログラムにあります。従来の観光展示ではガラスケース越しにしか見られなかった実物の忍具（手裏剣、撒菱、登器など）に触れられる体験コーナーや、現存する忍術伝書『万川集海（ばんせんしゅうかい）』に記された暗号解読ワークショップなどが人気を博しています。
特に注目を集めているのが、全国から腕自慢が集結する「全日本公式手裏剣打選手権大会（にんぱく杯）」です。木製やゴム製の安全なレプリカではなく、規定重量を満たした本物の鉄製手裏剣を用い、5メートル〜7メートル先の的を射抜く緊張感は圧巻の一言。張り詰めた空気のなか、一投ごとに会場が息を呑む臨場感は、観覧席からも強く伝わってきます。
さらに、伊賀流・甲賀流の現役武術家による古流忍術の実演・演武も見逃せません。映画のような派手なアクロバットではなく、無駄を削ぎ落とした「気配を消す歩法（忍び足）」や「敵の重心を崩す関節技」など、極めて実戦的で合理的な身体操作が惜しみなく披露されます。
