鉄道ネットワークの観点から見ると、南宮崎駅は日豊本線から日南線および宮崎空港線（田吉駅起点ですが実質的な運用拠点は南宮崎・宮崎）が分岐する運行上の要衝です。宮崎駅から鹿児島中央方面、あるいは延岡・大分方面を結ぶ特急「ひゅうが」「にちりん」「きりしま」の多くが停車し、南九州の広域移動を支えています。
特に覚えておきたいのが、宮崎空港線へのアクセスにおける特例ルールです。宮崎駅〜南宮崎駅〜宮崎空港駅の区間は、特急列車の普通車自由席に乗車券のみ（特急券不要）で乗車できる特例が設けられています。南宮崎駅の最新の時刻表を確認すると、日中は普通列車と特急列車が組み合わさる形で空港方面への高頻度運行が維持されており、飛行機への接続は極めてスムーズです。
一方、青島・油津・志布志方面へ向かう日南線への乗り換えには注意が必要です。日南線は時間帯によって1〜2時間に1本程度となるローカル線区のため、事前に発着ホームと接続時刻を精査しておかないと駅構内で長時間の待機を強いられます。また、台風や大雨など悪天候時には日豊本線の運行状況とともに日南線の徐行・運休情報がリアルタイムで更新されるため、駅構内の案内モニターやJR九州運行情報アプリでの常時確認が欠かせません。
