三輪神社の知名度を一気に押し上げたもうひとつの大きな要素が、他では見られないほど多彩で華やかな三輪神社の御朱印です。職人技のような美しい筆文字に、愛らしいうさぎのスタンプや季節の草花、年中行事のモチーフが緻密にあしらわれており、全国の御朱印愛好家からも高い評価を受けています。
現在用意されている授与品の主な特徴は次の通りです。
- 月替わり・祭事限定御朱印：四季折々の風景やイベント（正月、ひな祭り、桜まつり、七夕、紅葉など）に合わせて毎月デザインが一新されます。見開きサイズや切り絵加工が施された特別仕様も人気です。
- 推し活向け「うさぎ絵馬」：うさぎの顔や全身をかたどった絵馬。表情を自分で描き込めるタイプもあり、推しの似顔絵やイメージカラーで彩った願掛けが定着しています。
- カラーバリエーション豊富なお守り：うさぎの刺繍が入った「福守」や、チケット運を引き寄せると評判の「縁結び守」など、豊富な色展開が用意されており、推し色に合わせて選ぶ参拝者が目立ちます。
直書きを希望する場合は、持参した御朱印帳に書き手の方が丁寧に揮毫してくれます。ただし、日によっては書置き（和紙に事前に記帳されたもの）のみの頒布となる場合もあるため、公式の発信情報を事前に確認しておくと安心です。
