観光客が減ったことによる飢餓だけが原因と語られがちですが、大久野島のうさぎが減った理由を掘り下げると、観光開発と野生動物の生態的限界が交差する深刻な構造的要因が浮かび上がります。
第一の要因は、「キャリングキャパシティ（環境収容力）の大幅な超過」です。本来、外周4.3キロメートルの島で自生する野草や木の皮だけで維持できるアナウサギの適正密度は、数百羽程度とされています。1,000羽を超えた時期は、観光客が持ち込むキャベツや人参、ラビットフードに完全に依存した人工的過密都市のような状態でした。外部からの供給が断たれた際、島本来の基礎生産力を超えていた余剰個体が淘汰されるのは生態学的に不可避の帰結でした。
第二に、「過密による衛生環境の悪化と縄張り争いの激化」が挙げられます。アナウサギは本来、強烈な縄張り意識を持つ地中営巣性の動物です。島中にウサギが溢れかえった結果、巣穴の奪い合いによる激しい闘争が頻発し、負傷した傷口から感染症に罹患して命を落とす個体が続出しました。また、観光客が善意で放置した生野菜やパンが雨水で腐敗し、島内の土壌衛生を著しく悪化させたことも免疫力の低下を招きました。
第三の要因は、「天敵となる捕食者の増加」です。放置された残餌や衰弱したウサギを目当てに、島外からカラスやトビ、さらには本土から海を泳いで渡ってきたとされるイノシシが定着。幼獣（子ウサギ）を中心に捕食圧が急上昇し、自然繁殖による世代交代が一時的に強く阻害されました。
第四に、「不適切な給餌による消化器疾患」という人間のモラルに起因する問題です。パンやお菓子、ネギ類などウサギが消化できない加工食品を与える観光客が後を絶たず、消化器官の不全（鬱滞など）で急死する事例が多発していました。給餌の中断だけでなく、長年にわたる不適切な食生活の蓄積が個体群全体の基礎体力を蝕んでいた点も見逃せません。
