夢洲や舞洲の歴史を語る上で避けて通れないのが、「土壌汚染の真相」と「津波・高潮対策」です。夢洲の一部区画は都市ゴミの焼却灰や産業廃棄物の最終処分場として利用されていた経緯があり、再開発にあたってPCBや重金属（鉛、ヒ素など）の検出が取り沙汰されました。
大阪市が実施した環境アセスメントおよび土壌調査によると、基準値を超過した特定エリアについては、「遮水壁による封じ込め」「土壌入れ替え」「不透水性シートによる被覆」などの土壌汚染対策法に基づく措置が講じられています。表層を直接触れる構造にはなっておらず、地上利用における健康被害リスクは遮断されています。
一方、南海トラフ巨大地震時の津波対策はどうでしょうか。大阪府の想定では、防潮堤の外側にある埋立地は津波到達時の水位上昇が懸念されますが、夢洲・咲洲の主要幹線道路および開発敷地盤面は、想定される最高津波水位（T.P.+約3.5m〜5.0m）を大幅に上回る海抜7m〜11mで嵩上げ（かさあげ）造成されています。2018年の台風21号（関西国際空港が浸水した高潮被害）以降、護岸パラペットの補強や排水ポンプ場の耐水化工事が完了しており、単なる波の越流による全島水没の可能性は極めて低いレベルに抑えられています。
