多くの人が誤解しがちだが、ドキンちゃんはバイキンマンの部下ではない。彼女はバイキン星から「バイキンマンを手伝うため」にやってきたとされているが、実際には気まぐれにバイキン城に住み着き、美味しいものを食べ、欲しいものをねだる自由人だ。
バイキンマンは彼女に対して頭が上がらない。どれだけ我が儘を言われても、最終的には彼女のために専用の部屋を作り、乗り物（ドキンUFO）を整備し、日々の食事を提供する。この関係性は、主従関係というよりも「圧倒的に力関係の偏った同居人」に近い。この非対称なギブ・アンド・テイクが、奇妙な安定感を生み出している。
