手厚い学費減免の対価として定められているのが、いわゆる卒業後の義務年限です。修学資金の返還免除を受けるためには、「貸与を受けた期間の1.5倍」に相当する9年間、大学が指定する労災病院、産業医科大学病院、または契約企業等で産業医や医師としての勤務を全うしなければなりません。
この義務年限に対して「キャリアが縛られるのではないか」という懸念を持つ受験生は少なくありません。しかし、実際のプログラムでは初期研修2年間に加え、専門医研修（専攻医）の期間も義務年限の一部としてカウントされます。内科や外科、産業医学などの専門医資格を取得しながら義務年限を消化できる体制が構築されており、臨床医としての腕を磨きつつキャリアを形成することが可能です。
万が一、自己都合などで9年間の途中で離脱する場合、残存期間に応じた貸与金の返還請求（利息を含む一括返還）が発生します。そのため、「単に学費が安いから」という安易な動機ではなく、産業保健や労働衛生分野に貢献する明確な意志を持って進学することが極めて重要です。
