先天性ミオパチーの多くは、出生直後から乳児期早期に「何かがおかしい」という兆候として現れます。臨床現場で最も重要なサインとなるのが「フロッピーインファント（ぐったりした乳児）」と呼ばれる全身の筋緊張低下です。
医療従事者や保護者が気づく初期の具体的な徴候には、以下のような項目が挙げられます。
1. 抱いたときの著しい脱力感（スリップスルー徴候）
赤ちゃんの脇の下を手で支えて抱き上げた際、肩の筋肉が緩んでいるため、すり抜けて落ちそうになる現象です。
2. 牽引反応の異常（ヘッドラグ）
仰向けに寝かせた赤ちゃんの両手を引いて起こそうとしたとき、首が完全に後ろへ倒れたままついてこない状態が続きます。
3. 哺乳力の弱さと体重増加不良
おっぱいを吸う力（吸啜力）が極端に弱く、飲むのに時間がかかる、途中で疲れて眠ってしまう、むせ込みを繰り返すなどの症状が見られます。
4. 弱々しい泣き声と呼吸不全
横隔膜や肋間筋の筋力低下により、泣き声に張りがなく小さく、呼吸時に胸がペコペコとへこむ「奇異呼吸」が見られる場合があります。
鑑別診断においては、脊髄性筋萎縮症（SMA）、先天性筋強直性ジストロフィー、染色体異常（プラダー・ウィリー症候群やダウン症候群）、低酸素性虚血性脳症などとの綿密な比較が行われます。
