半蔵門線が遅延しやすい最大の要因は、東急田園都市線・東京メトロ半蔵門線・東武スカイツリーライン(伊勢崎線・日光線)という3社にまたがる大規模な相互直通運転にある。直通距離は神奈川県の真ん中から埼玉県の深部まで数百キロメートルに及び、路線の特性も走る地域もまったく異なる。
たとえば、強風によるスピード規制が埼玉県内の東武線で発生した場合や、田園都市線の踏切でトラブルが起きた場合でも、その余波はダイレクトに地下鉄半蔵門線内へと流れ込んでくる。便利さと引き換えに、自社線内だけではコントロールできない外部リスクを常に抱え込んでいるのが、半蔵門線の宿命と言えるだろう。